見たままやったらできたようです。

FC2拍手のタグは、他のブログ用のサンプルを見るとこのような文法でしたので…

<a href="http://clap.fc2.com/post/ユーザ名/?url=エントリー単体のURL&title=エントリーのタイトル" target="_blank" title="拍手する by FC2">
<img src="http://clap.fc2.com/images/button/white/ユーザ名?url=エントリー単体のURL" alt="拍手する" style="border:none;" />
</a>

何も考えずにPHPの出力に置き換えただけです。imgタグの部分はボタンの画像なので、これは任意の画像が使えるらしいです（試してない）。

<a href="http://clap.fc2.com/post/xxx(ユーザ名)/?url=<?php the_permalink() ?>&title=<?php echo $title; ?>" target="_blank" title="拍手する by FC2">
<img src="http://clap.fc2.com/images/button/white/xxx(ユーザ名)?url=<?php the_permalink() ?>" alt="拍手する" style="border:none;" />
</a>

使っているテンプレによっては、複数のテンプレにまたがって設置する必要があるかもしれません。テンプレの構成というのは個々に異なるものですので、個別の問題は分かりかねます。

【追記】

上記のタグはvicuna CMSというテンプレを使用した際に調整したもので、<?php echo $title; ?>の部分は一般的ではないようです。そこで…

<a href="http://clap.fc2.com/post/xxx(ユーザ名)/?url=<?php the_permalink() ?>&title=<?php the_title(); ?>" target="_blank" title="拍手する by FC2">
<img src="http://clap.fc2.com/images/button/white/xxx(ユーザ名)?url=<?php the_permalink() ?>" alt="拍手する" style="border:none;" />
</a>

というのが普通かもしれません。