主だったところを。

●FTPクライアント NextFTP(シェアウェア)

公式のFAQ
Ｑ．設定を他のパソコンにコピー、バックアップしたい

ホストの設定は、データフォルダにある「HOSTDATA.DAT」に保存されています。データフォルダは、オプション－システム－データフォルダの変更で確認できます。

うちの場合は不可視属性のフォルダに存在していました。

●ターミナルエミュレータ Putty

こちらを参照しました。
cles::blog – Puttyの設定のエクスポートする

保存されたセッションについては下記に入っているのでこの部分をエクスポートして、移行先にインポートすればセッションの情報をごっそりと移動することができます。
HKEY_CURRENT_USER\Software\SimonTatham\PuTTY\Sessions\(保存した名前)

設定はレジストリに保存されていました。認証に使用する鍵ファイルは含まれませんので、別途コピー。wikipediaのPuttyのページを見たら、発音が「パティ」だと知りました。

●ブラウザのブックマークとか

FirefoxとIEについては何も問題はありませんが、プラグインの再構築が面倒です。